De acordo com o primeiro livro tombo da Paróquia, o dia da criação da Paróquia, ignora-se o dia exato. Talvez, futuramente venha-se a descobrir em algum arquivo ou biblioteca. No momento. O que se consta é que já em 1688 os JESUÍTAS a primeira residência e a Igreja na aldeia dos IRURIS. Em 1712, entra o Padre João Sampaio, dotado de grande zelo construtivo, erigiu casas e a igrejinha; Sampaio funda “Trocano”, o primeiro nome oficial de “Borba”, em 1724. Até 1755, a Igreja de Borba estava a cargo dos Jesuítas, que fizeram os primórdios de construção da Igreja. No entanto, “coberta de telhas e os mourões formavam o esqueleto da parede”.

Oficialmente se instaurou a inauguração da Paróquia de Santo Antônio, no dia 1° de janeiro de 1756, data que coincide com a idade oficial da própria cidade. Com a expulsão dos jesuítas, tomou posse o primeiro Vigário, o Padre Feliciano Antônio da Costa. Até 1863, a Igreja de Borba continuou sendo a mesma Igreja de Santo Antônio feita pelos Jesuítas. Então em meados de 1870 sob o olhar do Engenheiro J. M. da Silva Coutinho foi construída as arcadas de alvenaria e reformado o telhado.

Com a presença dos Franciscanos TOR, desde a nomeação do primeiro bispo prelado Dom Adriano Jaime Miriam Veigle, foram feitas adaptações, inclusive a moradia dos freis que se situava atrás da Basílica. No entanto, com o aumento do fluxo de devotos oriundos de todos os lugares em busca dos favores de Santo Antônio, fez-se necessário reformar a Igreja. Dessa forma, de 1994 a 1995, aumentou-se o tamanho cerca de 40%, completando-se a segunda torre da frente e erguendo novas torres, eliminando a moradia dos freis que se localizava atrás.

É valido salientar que a 28 de dezembro de 1950, o então governador Júlio de Carvalho Filho, considerou pela Lei N° 856, a Igreja Matriz de Borba monumento histórico do Amazonas e, no dia 13 de junho de 2003, pelo Decreto do Culto Divino e Disciplina dos Sacramentos, datado de 18 de março de 2003, foi instalada a Basílica Menor de Santo Antônio.

Após algumas reformas a Basílica de Santo Antônio tornou-se, além do Santuário que reúne centenas de devotos vindos de várias regiões, também a principal atração turística da calha do Rio Madeira. O Santuário de Santo Antônio de Borba possui um grande elemento de devoção dos fiéis – uma Relíquia de Santo Antônio.

A Paróquia de Santo Antônio, na qual situa-se o Santuário/Basílica possui mais duas comunidades na sede (Borba) e 42 comunidades às margens dos rios. 

No dia 03 de Julho 2022, Pe. Joseph Raj Arockiya Samy foi empossado como novo pároco da Paróquia de Santo Antônio.