O mesmo engenheiro Silva Coutinho, diz que viu em Borba os grossos alicerces de uma Igreja que os jesuítas começaram, mas que não foi concluída… e continua: “o fato de não concluir-se a igreja, parece provar que os jesuítas estiveram em Borba até a sua extinção, no Brasil. Mais uma prova de que a igreja atual não é a primeira dos jesuítas.”
Até 1755, pertenceu a igreja de Borba aos jesuítas, mas investido Mendonça Furtado, por Carta Regia de 3 de março de 1755, do poder de criar a Capitânia de São José do Rio Negro, hoje estado do Amazonas, e de elevar à categoria de Vila a aldeia de Trocano, o que fez em janeiro de 1756, dando-lhe o nome de Borba, a Nova, iniciou uma feroz perseguição contra os beneméritos jesuítas.
O superior da missão, Anselmo Eckart, retirou-se para a aldeia de Abacaxis onde residia seu irmão de hábito, o padre Runderfela. Da igreja dos jesuítas existem, ainda, uma imagem de São Francisco Xavier e uma outra do Crucificado. Esta última foi reincarnada no ano de 1938. O engenheiro Silva Coutinho as viu em 1861.
Com a retirada dos jesuítas, passou Borba para os Carmelitas. Frei André Prat (vol. 1 p.35), na sinopse dos lugares e aldeamentos dos índios, fundados e cristianizados pelos Carmelitas, traz: do Rio Madeira, Borba. Ano da fundação: 1755.
No mesmo volume, p.50, frei Prat cita o capitão Antonio José Landi, arquiteto da igreja do Carmo de Belém… Sua eccelencia (Francisco Xavier Mendonça Furtado) mi condusse con se alla fondanzione della Villa di Borba, posta nel Rio Madeira. Nel principio de genaio de 1756 ritorniano a Mariuá. É provável que Mendonça Furtado tivesse trazido consigo carmelitas de Barcelos (Mariuá), para substituir os jesuítas em Borba, e que a Ordem do Carmo tenha aceito a missão de Borba em 1755.
Na Matriz de Borba existe, ainda, um triângulo para o ofício das Trevas, que só pode ter sido dos carmelitas, visto os jesuítas não rezarem o Ofício no Coro. Deve também ter sido dos carmelitas uma pequena imagem de N. S. do Carmo, existente na Sacristia. Os carmelitas, porém, não ficaram sempre efetivos em Borba. O que se conclui, à luz dos documentos, é que os carmelitas ficaram com a missão do Madeira, sendo, porém, o vigário da paróquia até 1838, um clérigo secular. Nem era permitido que os frades fossem párocos.
Em Borba faleceu e foi sepultado (provavelmente na igreja, conforme o costume da época), frei José das Chagas, apóstolo da Mundurucânia, fundador de Parintins, Canumã, São José do Matari, Sapucaioroca. Era homem de vida santa e abnegada. Veja-se cônego Bernardino de Souza, na comissão do Madeira (2ª parte, pp. 28 e 83). Também, em Borba, faleceu em 28 de maio de 1838, o segundo de nome, frei José Alves das Chagas.
Foi quem abençoou o casamento do maior herói brasileiro do Amazonas, Vitor da Fonseca Coutinho com dona Izabel da Fonseca Zuzarte, em 10 de junho de 1832. Era o alferes Vitor da Fonseca Coutinho, coronel comandante superior da Guarda Nacional, filho do capitão Francisco Benedito da Fonseca Coutinho e dona Ana de Goes. Nasceu o alferes Vitor, em 12 de abril de 1812. Foi batizado na Igreja de Borba. Teve do seu casamento 11 filhos, um dos quais, foi monsenhor Francisco Benedito da Fonseca Coutinho.
Com a morte de frei José Alves das Chagas, foi nomeado em 1838, superior da missão de Borba o carmelita frei José (ou Vicente) de Carvalho Pena (Frei André Prat, v. II, p. 64.). Parece que nesse ano de 1838 foi extinta a Missão, pois o Livro dos Batizados de 21 de outubro de 1838 a 14 de março de 1840, traz assinado: “Vigário interino — José Vicente de Carvalho Pena”, que só pode ser o mesmo frei José (ou Vicente) de Carvalho Pena.
Depois deste, regeram a paróquia até dezembro de 1863 cinco vigários, por espaço de 23 anos, sempre por pouco tempo. O padre Paulino dos Santos Ferreira Mar, sucessor do frei Pena, foi trêsvezes vigário e cada vez por poucos meses. Em agosto de 1847, houve visita pastoral, feita pelo bispo do Pará, D. José Afonso de Moraes Torres. Desta, como de diversas outras vezes, estava Borba sem vigário, pois ocorrem atos paroquiais feitos pelo Vigário-geral Antonio Manuel Sanches de Brito e pelo secretário cônego Antonio dos Reis de Macêdo. Pelas determinações e proibições feitas por escrito pelo bispo, vê-se que não era muito edificante o estado da paróquia.
Depois de D. José [Afonso], estiveram na Matriz de Borba, em visita pastoral, o bispo-mártir D. Antonio de Macêdo Costa, D. José Lourenço da Costa Aguiar, primeiro bispo do Amazonas, D. Frederico Costa, D. João Irineu, D. Basílio Pereira e D. João da Mata.
com por
